指定した仕訳のみ弥生会計に出力することは可能です。
書き出したい仕訳を選択し、右クリックの中の「書き出す」を選択すると仕訳の書き出しが行われます。
書き出しにはテキストファイルとして書き出す「CSV形式」と連動仕訳として書き出す「弥生形式」があります。