「ファイルチェック結果」画面で作成か変換か選択する画面の右上「勘定科目・補助科目・部門を一括変換する方法」をクリックすると、ファイルの保存ができます。CSVデータで保存されますので、作成を変換に変更して上書き保存したデータを、設定画面上にドロップすると一括で作成が変換に変わります。

[PDF]「科目、補助、部門の変換ファイル」の保存と反映方法