【販売版】「伝票番号」を出力させないことはできますか？

はい、書き出し時の設定で「出力しない」を選択できます。

弥生販売側で番号を管理したい場合などは、以下の操作で伝票番号を空白として書き出すことが可能です。

書き出し画面の「伝票開始番号」オプションにて、
「伝票番号を出力しない」にチェックを入れて書き出しを行ってください。

弥生販売インポート時の注意点
伝票番号を出力せずに（空欄の状態で）弥生販売へインポートすると、
弥生販売の仕様により、伝票番号は自動的に「00000000」として登録されます。